PyMongoは、2つ以上のフィールドを持つ一意のインデックスを作成します

複合インデックスを作成し、uniqueを設定する必要があります Trueに ドキュメント に記載されているとおり ：

self.db[self.mongo_collection].create_index(
    [("url", pymongo.DESCENDING), ("category", pymongo.ASCENDING)],
    unique=True
)