Mongodbのマルチネスト配列を更新します

おそらく、最初のクエリを次のように変更します：

db.userlinks.update (
    {_id: 1, tags: {$nin: [{tag:'foo'}]}}, 
    {$push: {'tags': {tag:'foo', links:[]}}}, 
    {upsert: true}
)

$ push操作は、タグではなく、リンクにのみ影響する必要があります。

{$push: {'tags.links': {link: 'http://www.google.com', date: '123'} } },