ツリーの構造を更新する必要がありますか（つまり、タグを別の親に移動する）？それが可能であれば、埋め込まれたアプローチは難しくなり、リレーショナル/正規化されたアプローチの方が理にかなっています。
タグ自体をドキュメント（埋め込み）に保存する可能性がありますが、ツリーノードをオンラインで移動する必要がある場合は、階層を別のドキュメントに保存します。最初に（現在のツリーに従って）検索クエリをフラット化してから、それらのタグを検索する場合は、クエリを遅くする必要はありません。平坦化された検索クエリに数百のタグが含まれる場合、このアプローチはおそらくうまく拡張できません（ツリーの高さはどれくらいですか？）。
タグを新しい親に移動できない場合（または定期メンテナンス中に自分だけが移動できない場合）は、先に進んで階層全体を埋め込みます。