この更新クエリが1つのレコードのみを更新する理由

これは、更新のMongoDBのデフォルトの動作です。複数のドキュメントを一度に更新する場合は、 multiを明示的に指定する必要があります フラグ：

db.collection.update( criteria, objNew, upsert, multi )

したがって、使用する必要があります

db.we.update({"uid":1, "status":1, "time" : {"$lte":1324403899}},
             {"$set":{status:0}}, 
             false, 
             true);

代わりに。

ドキュメント から ：