ユーザーにクエリを実行する必要がある場合は、ユーザーを一人にしてください。アップロードについてクエリを実行する必要がある場合は、アップロードをそのままにしてください。
自問すべきもう1つの質問は、このデータが必要になるたびに、埋め込みオブジェクトが必要ですか（またはその逆）？このデータは何回更新されますか？このデータは何回読み取られますか？
友情のリクエストについて考えてみましょう： リクエストが必要になるたびに、リクエストを行ったユーザーが必要になり、ユーザードキュメント内にリクエストを埋め込みます。
埋め込まれたオブジェクトにインデックスを作成することもでき、検索は単一クエリ/高速/一貫性があります。
同様の質問に対する以前の返信へのリンク： オブジェクト間のMongoDB関係
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