ドキュメント全体を完全に一致させる方法は？

これが完全に可能だとは思いませんが、考えられる解決策はドキュメントをハッシュすることです。

保存するときは、常にドキュメントのハッシュを作成してください：

var doc = {};
delete doc.hash; // never include the hash itself in the calculation
doc.hash = crypto.createHash('sha256').update(JSON.stringify(doc)).digest();
db.collection.insert(doc);

次に、クエリを実行するときに、ハッシュでクエリを実行できます。

db.collection.find({
  hash: hash
})

ドキュメントを頻繁にアトミック更新する場合は、煩わしいかもしれません。