DBRefs（Mongoドキュメント参照）が熱心にフェッチされていない

正解です。DBRefは熱心にフェッチされますが、熱心に保存されません（AFAIK）。 AがBへの参照を持っている場合、Aを保存するときに、Spring Data / MongoDBがBを自動的に保存しないので、そうする必要があります。

// Incorrect, upon retrieval a.getB() == null
A a = new A();
a.setB(new B());
repositoryA.save(a);

// Correct (to the best of my knowledge)
B b = repositoryB.save(new B());
A a = new A();
a.setB(b);
repositoryA.save(a);