mongodbはクエリごとに1つのインデックスしか使用できないことに注意してください（インデックスを結合して、別々のインデックスを持つ2つのフィールドでクエリを高速化することはありません）。
とはいえ、一意性を確認したい場合は、挿入する前にアプリからクエリを実行できます（クエリと挿入の間にギャップがあるため、問題は部分的にしか解決されません）。
フィルター処理されたインデックスについて、このJIRAの問題に投票することをお勧めします。これは、おそらくユースケースに役立ちます： https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-785