Mongoドキュメント内の配列の更新が機能しない

クエリは良さそうです。$pushを使用して単一のクエリを実行できます 手動プロセスを行う代わりに、

const { user_id } = req.params;
const subscription = req.body; 
const updated_user = await UserModel.findByIdAndUpdate(user_id, 
    { 
        $push: {
            push_subscriptions: subscription
        },
    { new: true }
).exec();