配列のインデックス作成に関しては、MongoDBは配列の各値にインデックスを付けて、「赤」などの個々のアイテムをクエリできるようにします。例:
> db.col1.save({'colors': ['red','blue']})
> db.col1.ensureIndex({'colors':1})
> db.col1.find({'colors': 'red'})
{ "_id" : ObjectId("4ccc78f97cf9bdc2a2e54ee9"), "colors" : [ "red", "blue" ] }
> db.col1.find({'colors': 'blue'})
{ "_id" : ObjectId("4ccc78f97cf9bdc2a2e54ee9"), "colors" : [ "red", "blue" ] }
詳細については、マルチキーに関するMongoDBのドキュメントを確認してください: http://www.mongodb.org/ディスプレイ/ドキュメント/マルチキー