キーが存在しない場合は、値を配列にプッシュしますMongoose

更新クエリの条件部分でユーザー名を確認できます：

var conditions = {
    _id: id,
    'members.username': { $ne: 'something' }
};

var update = {
    $addToSet: { members: { name: 'something', username: 'something' } }
}

SomeModel.findOneAndUpdate(conditions, update, function(err, doc) {
    ...
});