Mongodbが存在しない場合にのみ挿入する方法（存在する場合は更新なし）？

$setOnInsert を使用できます のように、

db.companies.updateOne(
   {"company": "test"},
   { $setOnInsert: { "name": "nameVal2", ... } },
   { upsert: true }
)

この更新操作で挿入が行われない場合は、$setOnInsert 効果はありません。つまり、name 挿入時にのみ更新されます。