MongoDB：ドキュメントの辞書を更新

mongoDbWebサイト から 「埋め込みドキュメントのフィールドの設定」をご覧ください

To specify a <field> in an embedded document or in an array, use dot notation.
For the document matching the criteria _id equal to 100, the following
operation updates the make field in the details document:


db.products.update(
{ _id: 100 },
{ $set: { "details.make": "zzz" } })

あなたの場合

db.collection.update(
     {_id:ObjectId("1")},
     { $set: { "occurrences.12": "3", "occurrences.17": "2" }})