QueryBuilderを使用すると、クエリは次のようになります
DBObject query = QueryBuilder.start().or(
QueryBuilder.start("key1").in(764).get(),
QueryBuilder.start("key2").in(keys).get(),
QueryBuilder.start().and("key3").is(3).and("key4").is(64).get()
).get();
jongo の使用を検討してください (mongo-java-driver上のAPI)シェルからクエリをコピーして貼り付けるだけです:
collection.findOne("{$or:[{key1: {$in:[764]}},{key2:{$in:[#]}}, {$and:[{key3:3},{key4:67}]}]}", keys).as(People.class);