実は違う。このcommand（String）は、任意のjavascriptではなく、あらゆる種類のmongoデータベースコマンドを実行できます。後者の場合、1.7.2 mongo以降とnoblockオプションセットを使用していない限り、DB全体をブロックするDB.eval（）が必要になります。
参照： http://api.mongodb.org/java/2.4-rc0 /index.html http://mongodb.onconfluence.com/display/DOCS/List +of+データベース+コマンド