DBレベルでセカンダリから読み取ろうとしているため。レプリカセットの接続URLでreadPreferences"secondaryPreferred"を指定する必要があります。
その方法を詳しく説明しているこのドキュメントを参照できます。
var MongoClient = require('mongodb').MongoClient
, format = require('util').format;
var url = format("mongodb://%s,%s,%s/%s?replicaSet=%s&readPreference=%s"
, "localhost:27017",
, "localhost:27018"
, "localhost:27019"
, "exampleDb"
, "foo"
, "secondaryPreferred");
MongoClient.connect(url, function(err db) {
if(!err) {
console.log("We are connected");
}
});