MongoDBで、コールバックがfind内にある場合、クエリを制限するにはどうすればよいですか？

あなたはそれをほぼ正しく理解しました。これを試してください：

db.privateMessages.find( { $or : [ {fromId: userId, toId: socket.userId} , 
                                   {fromId: socket.userId, toId: userId} ] },
                         {}, 
                         { limit : 2 }, 
                         function(err, messages) { pushSvdMsgs(messages); });

構文はfind(query, fields, options)です。 。ドライバーにオプションを正しく解釈させるには、その空のオブジェクトが必要です。