jenssegers/laravel-mongodbの複数のDB接続を使用したLaravelの外部での雄弁

確かに、ネイティブサポートはありません。ただし、追加するのは簡単です：

composer require jenssegers/mongodb:*

そして：

use Illuminate\Database\Capsule\Manager as Capsule;
use Jenssegers\Mongodb\Connection as Connection;

$capsule = new Capsule();

$capsule->getDatabaseManager()->extend('mongodb', function($config){
    return new Connection($config);
});