Meteor 1.1にはバージョン3までのMongoDBサポートが付属しており、MongoDB3.0データベースに沿った本番環境でMeteorを大きな問題なく使用できるはずです。
ただし、Meteorツールに同梱されているMongoバージョンに関して2.6ブランチを維持し、Mongo 3.0が十分に成熟するまで待ってから、Meteorの公式リリースに含めることにしました。
これは、Meteorが内部ツールのMongoDBバージョンを自動的に、ただし独自のペースで更新することを意味します。
Meteor開発ツールに付属しているローカルのMongo環境は、本番環境で通常使用する実際のMongoデプロイメントとは異なるものであり、2つのバージョンが同じである必要はありません。