変数をmongoアップデートに渡しますか？

for (var id in update.changed_data) {
  for (var sub_id in update.changed_data[id]) {
    db.collection.update({ "_id" : update._id, "$atomic" : "true" },{ $set: {'events.' + update.event_id + '.'+ id +'.' + sub_id : update.changed_data[id][sub_id] } });
  }
}

次のURLも確認できます： http://www.mongodb.org/ display / DOCS / Updateting＃Updating-ModifierOperations