私はドキュメント指向データベースにまったく慣れていません。現在、node.jsとmongodbを使用して一種のCMSを開発しようとしているので、あなたと同じ問題に直面しています。
試行錯誤の結果、私はこの経験則を見つけました。クエリの「対象」となる可能性のあるすべてのエンティティのコレクションを作成し、残りを他のオブジェクトに埋め込みます。
たとえば、ブログエントリのコメントは、通常はエントリ自体にバインドされており、すべてのコメントに対してグローバルに行われる有用なクエリについて考えることができないため、埋め込むことができます。一方、投稿に添付されたタグは、投稿にバインドされている場合でも、すべてのタグについてグローバルに推論したい場合があるため（たとえば、トレンドトピックのリストを作成するなど）、独自のコレクションに値する場合があります。