bson.Dオブジェクトに値を追加する方法

DocElem を追加します （mgo）または E （go.mongodb.org）使用しているクライアントに応じてスライスします。

var setElements bson.D
if len(pivot.Base) > 0 {
  setElements = append(setElements, bson.E{"base", pivot.Base})
}
if len(pivot.Email) > 0 {
    setElements = append(setElements, bson.E{"email", pivot.Email})
}

setMap := bson.D{
    {"$set", setElements},
}

mgoの場合はbson.Eをbson.DocElemに置き換えます。