私はまったく同じ問題を抱えていました。新しいもののようです。
これが私の接続文字列で、現在は機能しています
mongoose.connect（'mongodb：//ユーザー名 ：パスワード @ myShard -shard-00-00-lbofd.mongodb.net:27017、 myShard -shard-00-01-lbofd.mongodb.net:27017、 myShard -shard-00-02-lbofd.mongodb.net:27017/MYDBNAME ？ssl =true＆replicaSet = myShard -shard-0＆authSource =admin'）;
新しいDBを作成するために、MongoDBCompassを使用しました。 Atlasサイトから接続文字列をコピーします（長い方-3.4と思います）。mongodbコンパスを開くと、クリップボード（OSX）に接続文字列があることが認識され、コンパスの接続に簡単なクリック。そこから新しいデータベースを作成できます（左上の[MyCluster]をクリックし、[データベースの作成]をクリックします。接続文字列の太字のMYDBNAMEに新しいデータベースの名前を入力します。
新しいデータを表示するには、数回の更新が必要でした。
私はあなたとほとんど同じ接続文字列を持っていました（db名/シャードが異なるなど）-POSTはできましたが、GETはできませんでした。 POSTSはエラーを作成しませんでした（ただし、投稿したデータは見つかりませんでした）。GETは、取得したのと同じエラーをスローしました。