私が推測している問題は次のようになっている可能性があります:
あなたは多くの基準に基づいて検索操作を行っています。つまり、(基準内の)パラメータの不一致が原因で失敗した場合、ドキュメントを挿入しようとします。
したがって、同じドキュメントを同じ_idで更新しようとしているが、他の条件の一部が一致していないために再度挿入され、重複キーの例外が発生する可能性があります。以下の例を検討してください
test:Mongo > db.example.update({ _id : 1, a : 1, b : 1},{ $set : {d : 1}}, true, false)
test:Mongo > db.example.find()
{ "_id" : 1, "a" : 1, "b" : 1, "d" : 1 }
test:Mongo > db.example.update({ _id : 1, a : 1, b : 2},{ $set : {d : 1}}, true, false)
E11000 duplicate key error index: test.example.$_id_ dup key: { : 1.0 }