MongoDB + Webアプリ：ユーザーごとのデータベース

はい、単一のコレクションの方が優れています。そうすれば、インデックスを有利に使用できます。

データベースまたはコレクションのリストを反復処理するには、常にO（N）時間がかかりますが、インデックスを使用して個々のドキュメントを検索するには、O（log N）時間を達成できます。