Mongo DB JAVAドライバーを使用してMongoDBのデータベースからコレクションを削除するにはどうすればよいですか？

これでうまくいくと思います：

MongoClient mongoClient = new MongoClient();
DB db = mongoClient.getDB("mydb");
DBCollection myCollection = db.getCollection("myCollection");
myCollection.drop();