存在しないドキュメントのみをインポートするにはどうすればよいですか？

mongoimportのデフォルトの動作は、既存のドキュメントを上書きすることではありません。JSシェルで、コレクション「testimport」にドキュメントを作成しました

> db.testimport.save({_id:1, x:"a"})
> db.testimport.find()
{ "_id" : 1, "x" : "a" }
> 

import.jsonファイルの内容は次のとおりです。これには2つのドキュメントが含まれています。1つは一意の_idを持ち、もう1つは重複した_idを持ちます。

import.json
{_id:1, x:"b"}
{_id:2, x:"b"}

新しいターミナルウィンドウで、mongoimportが実行されます：

$ ./mongoimport -d test -c testimport import.json -vvvvv 
Wed Apr  4 19:03:48 creating new connection to:127.0.0.1
Wed Apr  4 19:03:48 BackgroundJob starting: ConnectBG
Wed Apr  4 19:03:48 connected connection!
connected to: 127.0.0.1
Wed Apr  4 19:03:48 ns: test.testimport
Wed Apr  4 19:03:48 filesize: 29
Wed Apr  4 19:03:48 got line:{_id:1, x:"b"}
Wed Apr  4 19:03:48 got line:{_id:2, x:"b"}
imported 2 objects
$

mongoimportの出力には、2つのオブジェクトがインポートされたことが示されていますが、_id：1のドキュメントは上書きされていません。

> db.testimport.find()
{ "_id" : 1, "x" : "a" }
{ "_id" : 2, "x" : "b" }
>

--upsertフラグを使用すると、_id：1のドキュメントが更新されます：

$ ./mongoimport -d test -c testimport import.json -vvvvv --upsert
Wed Apr  4 19:14:26 creating new connection to:127.0.0.1
Wed Apr  4 19:14:26 BackgroundJob starting: ConnectBG
Wed Apr  4 19:14:26 connected connection!
connected to: 127.0.0.1
Wed Apr  4 19:14:26 ns: test.testimport
Wed Apr  4 19:14:26 filesize: 29
Wed Apr  4 19:14:26 got line:{_id:1, x:"b"}
Wed Apr  4 19:14:26 got line:{_id:2, x:"b"}
imported 2 objects
$

JSシェルでは、_id：1のドキュメントが更新されていることがわかります：

> db.testimport.find()
{ "_id" : 1, "x" : "b" }
{ "_id" : 2, "x" : "b" }
>

これはあなたが経験している行動ではありませんか？上記はバージョン2.1.1-preでテストされましたが、mongoimportコードがしばらく変更されたとは思いません。