自分の質問に答える
変更することで問題を解決できました:
User.findOne(req.user._id, function (err, user) { [...] });
これに:
User.findById(req.user._id, function (err, user) { [...] });
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User.findOne(req.user._id, function (err, user) { [...] });
これに:
User.findById(req.user._id, function (err, user) { [...] });