Mongoプロジェクションクエリの結果は、シェルとnodejsアプリケーションでのテストとは異なります

findOne node.jsドライバーの関数の定義は、シェルの関数とは少し異なります。

試してみてください

db.collection("inventory").findOne({ _id: 1 }, {projection:{ "size": 0 }}, (err, result) => {