mongodb：ネストされたドキュメントまたは参照付きの個別のコレクションを使用する

それはすべて、データの性質、読み取りの頻度、データアクセスパターンなどのユースケースによって異なります。

あなたの場合、「小さなデータレコード」はユーザーデータに依存しているように見えますが、実際にはスタンドアロンデータではありません。サイズも小さいので、ユーザーコレクションにデータを埋め込んだほうがいいです。