Spring-Mongo-Data Updateは1つの位置引数のみを許可しますか？

あなたにできることは

update.set("strs.$[elmStr].nds.$[elmNds].title", title)
    .filterArray("elmStr._id", strsId)
    .filterArray("elmNds._id",ndsId);

そして、位置演算子 を参照してください