mongodbは値からドキュメント全体を取得します

bots.findOne({data})を呼び出すとき データではなく、「Promise」を返します。 Promiseの解決がデータを取得するのを待つ必要があります。このコードを試すことができます。

   socket.on("bot_req_id", async function(data) {
       let db = mongoose.db("wumpusCave")
       let bots = db.collection("bots")
           console.log(data)
           let bot = await bots.findOne({data})
           console.log(bot);
           socket.emit("bot_res_id", bot)
   })

この記事は、概念を理解するのに役立つ場合があります： https://scotch.io/courses/10-need-to-know-javascript-concepts/callbacks-promises-and-async