マングース集約コマンドの結果を返すGraphQLエラー

結果リストをMongooseドキュメントにキャストして、結果を次のようにPromiseにラップすることができます。

Company.aggregate(pipeline).exec((err, result) => 
    (    
        new Promise((resolve, reject) => {
            if (err) {
                reject(err)
            } else {                    
                resolve(result.map(doc => { 
                    delete doc.company_users;
                    return new Company( doc );
                }))
            }
        })
    ))