これでうまくいくはずです：
db.lists.update(
{},
{ $pull: {"items": {"_id" :ObjectId("5399e2cc2d7b0349d89d2b44") }},
{ multi: true }})
コレクション内のすべてのドキュメント（{} 空のクエリを意味します）、提供された_idを持つすべてのアイテムを削除します （items 配列）。 multiなし オプションの場合、最初に見つかったドキュメントのみが影響を受けます