サブコレクションでのMongodbC＃の一括更新/置換

位置演算子 をお読みください 。この場合、一括処理は必要ありません。UpdateManyだけです。

collection.UpdateMany(
  Builders<RootDocument>.Filter.Eq("Documents.Id", document.Id),
  Builders<RootDocument>.Update.Set("Documents.$", document));

これにより、コレクションが調べられ、指定されたIDを持つChildDocumentを持つすべてのRootDocumentが照合され、その後、提供されたドキュメントに置き換えられます。