残念ながら、数字のような文字列を文字列として強制的に解釈する方法は現在ありません。
https://jira.mongodb.org/browse/SERVER-3731
次のように、Pythonまたはその他の使いやすい言語でスクリプトを作成できます。
import csv, pymongo
connection = pymongo.Connection()
collection = connection.mydatabase.mycollection
reader = csv.DictReader(open('myfile.csv'))
for line in reader:
print '_id', line['_id']
upsert_fields = {
'_id': line['_id'],
'my_other_upsert_field': line['my_other_upsert_field']}
collection.update(upsert_fields, line, upsert=True, safe=True)