まず、これに変更できると思います（httpの追加要件を削除し、サーバーをリッスンするようにioを設定します）：
// Init App
var app = express();
var server = require("http").Server(app);
var io = require("socket.io").listen(server);
クライアント側がサーバーとは異なるポートで実行されている場合は、インポートも変更する必要があると思います。そうでなければ、その部分は問題ないかもしれません。 var socket =io.connect（）;のioで.connectは必要ないと思います。とにかく、私のものはそれなしで働いています。
<script src='http://localhost:3000/socket.io/socket.io.js'></script>