まず、サーバーでエンドポイントを開く必要があります。 Mongodbはデータベースであるため、コントローラーなどを実装することで、バックエンドからデータベースにアクセスできます。次に、そのエンドポイントに対してAPI呼び出しを行うことができます。
$scope.del = function(data) {
$http.post('/records/' + data.id + '/delete')
.then(function(){
.... the rest of your angular code goes here
})
};