MongoDB配列の値を交換します

配列インデックスを使用してスワップできます。まずそれを見つけて交換します。

db.myCollection.find().forEach(function(doc){
        db.myCollection.update({_id: doc._id},
          {$set: {"geo.0": doc.geo[1], "geo.1": doc.geo[0]}})
    })