あなたの質問に対する簡単な答えは次のとおりです。あなたはそうしない。使用できる唯一のオプションは、すべての一意のペアを単一の配列要素として格納することです。だからではなく:
{a:[1,2], b:[8,9]}
保存する
{ab:[[1,8], [1,9], [2,8], [2,9]]}
明らかに、これにはいくつかの欠点があるため、これが適切な回避策であるかどうかは、特定のユースケースによって異なります。ただし、mongoがフールプルーフのためだけに複数の配列インデックスを拒否するべきではないことに同意します。これは、カーディナリティの小さい/低いアレイに適した機能です。