このエラーが発生した場合は、Node.js2.2.12以降の古い接続文字列を使用してみてください。
mongodb://<username>:<password>@main-shard-00-00-03xkr.mongodb.net:27017,main-shard-00-01-03xkr.mongodb.net:27017,main-shard-00-02-03xkr.mongodb.net:27017/main?ssl=true&replicaSet=Main-shard-0&authSource=admin&retryWrites=true
MongoDBによると、SRVはMongooseが原因で機能していない可能性があります。