ネストされたオブジェクトのプロパティをMongoDBドキュメントから削除するにはどうすればよいですか？

$unset を使用します 以下のように：

db.collectionName.update({},{"$unset":{"values.727920":""}})

編集 複数のドキュメントを更新するには、更新オプション を使用します のように：

db.collectionName.update({},{"$unset":{"values.727920":""}},{"multi":true})