Model.findはマングースの関数ではありません

理由はわかりませんが、次の方法でこれを行う必要がありました。

Event.find({ $in: eventIds}, function(err, docs){

宛先

mongoose.model('Event').find({_id:eventIds}, function(err, docs){

正しい3つのドキュメントが返されました。