MongoDB-DBRefフィールドタイプから$refのみを更新

ネストされたドキュメントを更新するためにドット表記を使用できます。ドット表記を使用する場合は常に、引用符で囲む必要があることに注意してください。

db.collection.update(
   {}, 
   { $set:{
       "codeId.$ref":"code"
     }
   },
   false,
   true
);

データベースリファレンス の詳細を読むことができます 。