hibernateを使用して結合テーブルをクエリする方法は？

あなたがしたいのは、型付きクエリを作成することです。適切なマッピングを使用すると、関連するオブジェクトも取得できます。結合テーブルをORMとしてクエリする必要はありません。 あなたのためにこれを行います：

Query query = session.createQuery(hql);
List<TestProject> results = query.list();

for (TestProject row : results) {
    //what to do here
    // do whatever you want
}

そして、適切な関係マッピングを使用すると、次のような関係を取得できます。

for (TestProject row : results) {
    Set<TestEmployee> employees=row.getEmployeesList();
    // do more work.
}

「ハウツー」については、トピックが広すぎて単一の回答などでカバーすることはできませんが、ここから始めることができるはずです- http://hibernate.org/orm/documentation/5.1/