log4jを使用していますか？
その場合は、以下のようにSQL用のロガーを追加してください。
log4j.logger.java.sql.Connection=DEBUG
log4j.logger.java.sql.Statement=DEBUG
log4j.logger.java.sql.PreparedStatement=DEBUG
log4j.logger.java.sql.ResultSet=DEBUG
ibatisなどのORMフレームワークを使用している場合は、以下のようにロガーを追加できます。
log4j.logger.com.ibatis.sqlmap.engine.impl.SqlMapClientDelegate=DEBUG