MVC4EntityFrameworkの多対多のカスタム結合テーブル名とスキーマ名

流暢な設定コードから手動で指定する必要があります...

modelBuilder.Entity<User>()
    .HasMany(x => x.Roles)
    .WithMany(x => x.Users)
    .Map(x => x.ToTable("UserRole", "SIGNUM"));