オプティマイザは、NULL値を持つ可能性があるため、2番目のクエリでEMP.DEPT_IDのインデックスを使用することを選択しないでください。これが、結果から1行を除外する原因となっています。
現時点で私が考えることができる唯一のバグ以外の説明は、オプティマイザーがフィールドにNULLを含めることができないと考えるように、DISABLERELYモードで何らかの形で制約を作成したことです。この場合、制約の情報が正しくないため、インデックスを使用するのが正しいでしょう。ただし、RELYオプションはNOT NULL制約には使用できないようであるため、これがどのように問題になるかはわかりません。それでも、テーブルのすべての制約を注意深く見てください。
それはさておき、完全外部結合による誤った結果に関して、Oracleのサイトには驚くほど多くのバグがあります。あなたはそれらの1つを打っているかもしれません。これらのケースのかなりの数で、回避策は「ネイティブ」の完全外部結合を無効にすることです。これは、次のステートメントを使用して現在のセッションで実行できます。
alter session set "_optimizer_native_full_outer_join"=off;