varcharの長さ(4000バイト)の制限により、これを文字列(varchar)として取得することはできません。CLOBとして選択してください:
String query = "SELECT TBL.XMLTYPECOLUMN.GETCLOBVAL() FROM TABLE TBL";
rs = stmt.executeQuery(query);
xmlClob = (Clob) rs.getClob(1);
http://kodehelp.com/how- to-read-xmltype-column-from-database-using-jdbc /