Hibernate例外クエリが正しく終了していません

そのようなクエリでパラメータを使用することはできません。この背後にあるロジックに立ち入ることなく、クエリを作成する前にクエリ文字列を連結するのが最善のオプションです

String queryString = "select COUNT(tl.LOG_ID) AS EVTCOUNT,tl.PRIORITY FROM Customer_" + custId + " tl Where tl.DEVICE_REPORTED_TIME >= SysDate-90 GROUP BY tl.PRIORITY ORDER BY tl.PRIORITY";
Query query = session.createSQLQuery(queryString);

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NamedQueriesについては、アプリケーションの起動時にコンパイルされるため、実行時にターゲットエンティティ（テーブル）を変更する方法はないと思います。